Umsetzung
Das Bundesamt für Naturschutz ist auch eine Vollzugsbehörde. Es ist an der Umsetzung einer Reihe von internationalen Naturschutzabkommen in nationales Recht beteiligt.
Schon 1973 hat die internationale Gemeinschaft darauf reagiert, das viele Tier- und Pflanzenarten durch Entnahme aus der Natur in ihrem Bestand gefährdet sind - mit dem "Übereinkommen über den Handel mit gefährdeten Arten frei lebender Tiere und Pflanzen", kurz 
CITES genannt. Als Vollzugsbehörde für dieses Abkommen erteilt das BfN Genehmigungen für die Ein- und Ausfuhr geschützter Arten. Hierfür erarbeitet das BfN die wissenschaftlichen Entscheidungsgrundlagen, die auch zu einer Weiterentwicklung des Artenschutzrechts führen.
In der Ausschließlichen Wirtschaftszone (AWZ) der Nord- und Ostsee - 12 bis 200 Seemeilen jenseits der Küstenlinie - übernimmt das BfN Auswahl und Management von NATURA 2000-Gebieten (Flora-Fauna-Habitat- und Vogelschutzgebiete) und wirkt bei Genehmigungen von Vorhaben mit. 
Habitat Mare Natura 2000
Im Bereich der Agro-Gentechnik ist das BfN an der Genehmigung von Anträgen und Freisetzen und Inverkehrbringen von gentechnisch veränderten Pflanzen, Tieren und Mikroorganismen beteiligt. Außerdem erarbeitet das BfN die fachlichen Grundlagen und die Organisation eines Monitorings, d.h. der Beobachtung von Auswirkungen der gentechnisch veränderten Organismen (GVO) auf Natur und Umwelt. Denn entscheidend für die Risikobewertungvon GVO ist die Interaktion zwischen ihnen und anderen lebenden Organismen - und damit der gesamten belebten Natur.
