Das Mündungsgebiet der Isar zählt zu den letzten großen naturnahen Mündungsgebieten Deutschlands. Mit seinen Auenwäldern, zahlreichen Altarmen und Kiesbänken in naturnaher typischer Ausprägung stellt das Gebiet eine noch weitgehend intakte Überflutungsaue im Mündungsbereich eines Alpenflusses dar. Es gehört zu den großen naturschutzfachlichen Raritäten Mitteleuropas und wird als biogenetisches Reservat eingestuft. Das Kerngebiet beinhaltet den Flusslauf der Isar von Plattling bis zur Einmündung in die Donau, das Isarvorland in diesem Bereich, Teile des Donauvorlandes, sowie Teile der ehemaligen Aue mit Feuchtwiesengebieten, ehemaligen Hartholzauewäldern, vermoorten Altlaufzügen und Brennenstandorten (Trockenstandorte der ehemaligen Aue). Etwa 100 gefährdete Pflanzenarten konnten in diesem Stromtal nachgewiesen werden. Dazu zählen Arten wie Schellenblume, Stauden-Lein, Glanz-Wolfsmilch und Sumpf-Gladiole. Neben verschiedenen Entenarten brüten u.a. Rohrweihe, Schwarzmilan, Eisvogel und das Blaukehlchen in dem Gebiet.

Ziel des Projektes ist die Erhaltung und Wiederherstellung einer weitestgehend intakten, naturnahen Überflutungsaue, die Regeneration von Auenökosystemen mit naturnahen Auenwäldern, Auengebüschen, Staudenfluren, Wasserpflanzen- und Röhrichtgesellschaften und offenen Kies- und Sandbänken. Der Überflutungsbereich des Projektgebietes soll im Anschluss an Renaturierungsmaßnahmen weitestgehend sich selbst überlassen bleiben. Außerhalb der Überflutungsbereiche ist die Erhaltung und Entwicklung halbnatürlicher, anthropogener Biotope der bäuerlich geprägten extensiv genutzten Kulturlandschaft vorgesehen.