Bereits vor der Verabschiedung der CBD war den Vertragsstaaten klar, dass besonders die ärmeren Länder eine finanzielle Unterstützung für die Umsetzung der Ziele der CBD benötigen würden. Unter anderem aus diesem Grund wurde 1991 innerhalb der Weltbank ein Umweltfond, die "Global Environment Facility" (GEF), ins Leben gerufen. Diese wird vor allem von den Industrienationen finanziell getragen und soll die Finanzierung von Projekten koordinieren und ermöglichen, die sich in Entwicklungsländern mit den Schwerpunkten Biodiversität, Klimawandel, internationale Gewässer, Übernutzung, Ozonschicht und langlebige organische Schadstoffe beschäftigen.

Im Rahmen der GEF wurde das United Nations Development Programme (UNDP) ins Leben gerufen. Weltweit wurden zwischen 1991 und 2006 über 1000 verschiedene Projekte mit Bezug zur Biodiversität mit einem Budget von insgesamt 2,2 Milliarden US $ (Stand 2006) unterstützt. Da viele Projekte kofinanziert werden, kommen weitere 5,1 Milliarden US $ aus anderen Quellen für diese Projekte hinzu. Die Aufgaben der GEF werden von einem Sekretariat koordiniert und von drei ausführenden Organisationen bearbeitet: