Die ergänzenden Leitlinien (2002/811/EG) geben den allgemeinen Rahmen für die Erstellung von Beobachtungsplänen vor. Sie legen jedoch keine Einzelheiten für die Entwicklung von Überwachungsplänen fest. Vielmehr sollen die Leitlinien durch spezifische Zusatzleitlinien für Beobachtungspläne oder Checklisten in Bezug auf bestimmte Merkmale, Kulturpflanzen oder Gruppen von GVO ergänzt werden.

Um diese Aufgabe zu erfüllen und um eine EU-weite Harmonisierung des GVO-Monitoring zu erreichen, hat die Kommission 2004 eine Arbeitsgruppe eingerichtet. Es sind Expertinnen und Experten aus den Europäischen Mitgliedstaaten, Norwegen und der Schweiz vertreten.

Das Mandat der Arbeitsgruppe umfasst neben der Erarbeitung konkreter Parameterlisten für die Beobachtung von Umweltwirkungen gentechnisch veränderter Organismen Aspekte der Organisation und Umsetzung des Monitorings sowie die Konzeptentwicklung für eine EU-weite Datenkoordination.

Arbeitsschwerpunkte wurden zunächst auf die Erstellung von Parametersets für die im Genehmigungsprozess befindlichen Kulturpflanzen Bt-Mais, HR-Raps und stärkeveränderte Kartoffeln gelegt. Darüber hinaus werden die Anforderungen an die allgemeine Beobachtung, die Eignung bestehender Beobachtungsprogramme der Mitgliedstaaten für das Monitoring und die europaweite Datenkoordination bearbeitet. Ein erstes Konzept zur Datenkoordinierung und -harmonisierung wurde bereits abgestimmt. Ein zweites Konzept zur Einbindung EU-weiter Umweltbeobachtungs-Programme und Datenbank-Infrastrukturen in das GVO-Monitoring ist noch in Abstimmung.

Elektronischer Arbeitskreis eAK 502-0 "GVO-Monitoring" der EU-EMS

Die Umweltbeobachtungskonferenz ist eine Plattform, die auf Initiative von Umwelteinrichtungen aus der Schweiz, Österreich und Deutschland gestartet wurde. Die Konferenz wird von der  EU-EMS Europäischen Umweltfachschaft organisiert und getragen.

Im Rahmen der EU-EMS wurde 2005 der elektronische Arbeitskreis eAK502-0 "GVO-Monitoring" gegründet. Derzeit sind die Schweiz, Österreich und Deutschland vertreten. Ziel des eAK ist, den Informationsaustausch und die Meinungsbildung zum GVO-Monitoring zu unterstützen. Die Standpunkte sollen in den europäischen Diskussionsprozess eingebracht und im elektronischen Journal der EU-EMS publiziert werden.