Gemäß Artikel 17 der FFH-Richtlinie müssen die Mitgliedstaaten alle sechs Jahre über den Erfolg der durchgeführten Schutzmaßnahmen der Habitatrichtlinie berichten. Für den Berichtszeitraum 2001-2006 haben die Mitgliedstaaten erstmals für sämtliche Lebensraumtypen (216) und Arten (ungefähr 1182), die in der Richtlinie aufgeführt sind und in ihrem Hoheitsgebiet vorkommen, detaillierte Bewertungen des Erhaltungszustands geliefert.

Auf der Grundlage der Länderberichte erstellt die Kommission innerhalb von zwei Jahren einen zusammenfassenden Bericht. Dieser Bericht enthält eine Bewertung der erzielten Fortschritte und des Beitrags des Natura-2000-Netzwerks zur Erreichung der Ziele von Artikel 3 der Habitatrichtlinie. Die Europäische Kommission hat den  Gemeinschaftsbericht für die Berichtsperiode 2001-2006 am 13. Juli 2009 vorgelegt. Der Bericht gibt erstmals einen EU-weiten Überblick über den Erhalt der Biodiversität.

Die nationalen Berichte der Mitgliedstaaten mussten bis Juni 2007 vorliegen. Drei Mitgliedstaaten hielten diese Frist ein; weitere Berichte wurden bis März 2008 eingereicht. Sobald der Bericht eines Mitgliedstaats eingegangen war, wurde er durch das Europäische Themenzentrum für biologische Vielfalt (ETC-BD) der Europäischen Umweltagentur (EEA) hinsichtlich Qualität und Vollständigkeit der Informationen überprüft. Die Mitgliedstaaten wurden aufgefordert, Ergänzungen und Änderungen vorzunehmen sowie die fehlenden oder aktualisierten Daten innerhalb kurzer Frist vorzulegen.

Für die Bewertung des Erhaltungszustandes der Natura 2000 Arten und Lebensraumtypen auf EU-Ebene wurde bis Mitte 2008 durch das Europäische Thematische Zentrum für Naturschutz ein Vorschlag erarbeitet. Dieser baut auf den nationalen Berichten der Mitgliedstaaten von 2007 zur Umsetzung der FFH-Richtlinie (Zeitraum 2001-2006) auf.

Im Rahmen eines öffentlich zugänglichen Konsultationsverfahrens konnten zu den Bewertungsvorschlägen seitens der allgemeinen Öffentlichkeit vom 28. Juli bis zum 15. September 2008 Kommentare und Anmerkungen abgegeben werden. Die in dieser Frist erfolgten abweichenden und begründeten Bewertungsvorschläge wurden im weiteren Verfahren berücksichtigt.

Die  Bewertungen und Berichtsdaten aller Mitgliedstaaten können auch weiterhin eingesehen werden. Neben den Sachdaten stehen hier auch europaweite Verbreitungskarten der Arten und Lebensraumtypen aus den GIS-Daten der Mitgliedstaaten zur Verfügung.