Die Europäische Union sieht für die Umsetzung der FFH- und Vogelschutzrichtlinie in der gesamten EU einen Finanzbedarf von 6,1 Milliarden Euro pro Jahr. Dies sind Kosten für den Aufbau des Netzes Natura 2000, das Management dieser Schutzgebiete, die Maßnahmen zur Erhaltung und Verbesserung des Erhaltungszustands der geschützten Lebensraumtypen und Arten sowie die Erfolgskontrolle. Eingeschlossen sind auch Kosten für Naturerleben und die Umweltbildung. Eine grobe Schätzung für den finanziellen Bedarf in Deutschland ergab rund 620 Millionen Euro pro Jahr.

Die Naturschutzmaßnahmen in den Natura 2000-Gebieten können in Deutschland mit ländereigenen Förderprogrammen oder im Rahmen von europäischen Fonds mit EU-Kofinanzierung gefördert werden. Die Kofinanzierung von Natura 2000 durch die EU wird in der Förderperiode 2007-2013 hauptsächlich durch den Landwirtschaftsfonds für die Entwicklung des ländlichen Raums (ELER), den Strukturfonds - Europäischer Sozialfonds (ESF) und Europäischer Fonds für regionale Entwicklung (EFRE) - sowie dem Finanzierungsinstrument für die Umwelt (LIFE+) getragen. Die EU-Kommission hat ein Handbuch zur  Finanzierung von Natura 2000 herausgegeben, das die Fördermöglichkeiten auf EU-Ebene aufzeigt.

Um die Fonds nutzen zu können, müssen die Bundesländer eigene Umsetzungsprogramme auflegen und von der EU genehmigen lassen. Ansprechpartner für die Förderbedingungen sind die zuständigen Naturschutzbehörden der Bundesländer.

Konkrete Beispiele, wie aktuell Natura 2000-Aktivitäten in Deutschland über  EU-Fonds finanziert werden, zeigt der Leitfaden  "Wege zur Finanzierung Natura 2000 - Gute Beispiele, wie Europa die biologische Vielfalt voranbringt" auf. Der Leitfaden wurde vom Deutschen Verband für Landschaftspflege (DLV) e. V. herausgegeben und durch das Bundesamt für Naturschutz mit Mitteln des Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz und Reaktorsicherheit gefördert.