Zum Stand der Umsetzung von Natura 2000 in Deutschland
2004 und 2005 unternahmen die Bundesländer erhebliche Anstrengungen, um weitere FFH-Gebiete zu melden. So hatte sich 2005 der Meldeanteil gegenüber Dezember 2003 um ca. 2,5 % erhöht (ohne Bodensee, Meeres-, Watt- und Boddenflächen). Nach Aufforderung durch die EU-Kommission wurden im Februar 2006 weitere 18 FFH-Gebiete und 9 Gebietserweiterungen nach Brüssel gemeldet. Damit liegt der deutsche Beitrag der FFH-Gebiete zum Aufbau des Netzes Natura 2000 in Brüssel vor.
Die erste Frist zur Übermittlung der nationalen Gebietsliste an die EU-Kommission im Juni 1995 verstrich, ohne dass Deutschland ein einziges FFH-Gebiet nach Brüssel gemeldet hatte. Die ersten offiziellen Gebietsmeldungen wurden 1996 vorgelegt und danach folgten weitere Meldungen in mehreren Tranchen. Wegen nicht ausreichender Meldung von FFH-Gebieten wurde Deutschland 1998/99 von der EU-Kommission vor dem Europäischen Gerichtshof verklagt und am 11.09.2001 von diesem verurteilt. Bis 2002 hatten die Bundesländer inzwischen rund 3.500 Gebiete gemeldet, die im Rahmen der europaweiten biogeografischen Seminare jedoch als weitgehend defizitär bewertet wurden. Deutschland hatte daraufhin der EU-Kommission im März 2003 einen Zeitplan zur Abarbeitung dieser Defizite in mehreren Stufen bis Januar 2005 vorgeschlagen. Bis zu diesem Zeitpunkt sollten die fachlichen Defizite der 
2. biogeografischen Seminare der EU-Kommission behoben sein. Die EU-Kommission hatte parallel dazu im April 2003 ein Zweitverfahren nach Artikel 228 EG-Vertrag gegen Deutschland gestartet, um ihrer Forderung nach einem entschiedenen Abbau der festgestellten Defizite Nachdruck zu verleihen. Gleichzeitig sagte sie jedoch zu, das Zwangsgeldverfahren ruhen zu lassen, sofern der vorgeschlagene Nachmeldeprozess wie vereinbart durchgeführt werden würde.
Diesen Zeitplan hatten alle Bundesländer eingehalten, einzelne Flächen (z.B. im Ems-, Elbe- und Weser-Ästuar) waren allerdings entgegen den Forderungen der EU-Kommission nicht gemeldet worden. Daher hat die Europäische Kommission am 19. Dezember 2005 das Zwangsgeldverfahren gegen Deutschland weiter vorangetrieben. Als Reaktion darauf wurden am 17.02.2006 fristgerecht die o.g. weiteren FFH-Gebiete und -Flächen nachgemeldet. Die EU-Kommission hat auf dieser Basis das Zwangsgeldverfahrens gegen Deutschland am 13.10.2006 eingestellt.
FFH- und Vogelschutzgebiete in Deutschland
Das kohärente Netz Natura 2000 umfasst die im Rahmen der FFH- und Vogelschutzrichtlinie gemeldeten Gebiete. Diese können sich räumlich überlagern. Zusammen bedecken sie ca. 14 % der terrestrischen Fläche Deutschlands und 41 % der marinen Fläche.
EU-weit liegt der Meldeanteil der ca. 25.000 FFH- und Vogelschutzgebiete bei ca. 20% der Landfläche aller Mitgliedstaaten (Stand: 2006).
Meldestand FFH-Gebiete
Deutschland hat bislang 4.617 FFH-Gebiete in Brüssel vorgelegt (Stand: 29.06.07), die sich auf drei biogeografische Regionen (alpin, atlantisch, kontinental) verteilen. Dies entspricht einem Meldeanteil von 9,3 % bezogen auf die Landfläche. Dazu kommen 2.016.411 ha Bodensee, Meeres-, Bodden- und Wattflächen mit 943.986 ha in der Ausschließlichen Wirtschaftszone (AWZ) Deutschlands.
Aktueller Meldestand der FFH-Gebiete in Deutschland, pdf-Datei (29.06.07)
Übersichtskarte FFH-Gebiete in Deutschland (mit AWZ), pdf-Datei (12/2006)
Der Meldeanteil von FFH-Gebieten liegt in den Mitgliedstaaten der erweiterten EU (EUR27) zwischen 6,8 % in Großbritannien und 31,4 % gemeldeter Landfläche in Slowenien (Stand: Dezember 2007). Europaweit beträgt der Meldeanteil an der Landfläche 13,2 %. Die marinen Flächenanteile von derzeit insgesamt 8.081.770 ha sind in den Prozentangaben nicht enthalten. Eine Übersicht über die Natura 2000-Meldungen der EU-Mitgliedstaaten gibt das 
Natura 2000-Barometer der Kommission.
Meldestand Vogelschutzgebiete
Deutschland hat bislang 734 Vogelschutzgebiete (BSG) gemeldet. Dies entspricht einem Meldeumfang von 11,1 % bezogen auf die Landfläche. Dazu kommen 1.976.975 ha Bodensee, Meeres-, Bodden- und Wattflächen mit 514.499 ha in der Ausschließlichen Wirtschaftszone (AWZ) Deutschlands. In 2008 werden noch weitere Meldungen von Vogelschutzgebieten erfolgen.
Die Bekanntmachung des Meldestandes der Europäischen Vogelschutzgebiete gemäß § 10 Abs. 6 BNatSchG ist durch die Veröffentlichung im Bundesanzeiger vom 26.07.07 erfolgt.
Aktueller Meldestand der Vogelschutzgebiete in Deutschland, pdf-Datei (01.04.08)
Übersichtskarte Europäische Vogelschutzgebiete in Deutschland (mit AWZ), pdf-Datei (05/2007)
Der Meldeanteil von Vogelschutzgebieten liegt in den Mitgliedstaaten der erweiterten EU (EUR27) zwischen 2,9 % in Irland und 25,1 % gemeldeter Landfläche in der Slowakei (Stand: Dezember 2007). Europaweit beträgt der Meldeanteil an der Landfläche rund 10,0 %. Die marinen Flächenanteile von derzeit insgesamt 5.909.017 ha sind in den Prozentangaben nicht enthalten. Eine Übersicht über die Natura 2000-Meldungen der EU-Mitgliedstaaten gibt das Natura 2000-Barometer der Kommission.
NATURA 2000-Meeresschutzgebiete in der AWZ
Mit dem am 4. April 2002 in Kraft getretenen Neuregelungsgesetz zum Bundesnaturschutzgesetz wurden die rechtlichen Vorraussetzungen für die Umsetzung von Natura 2000 in der deutschen ausschließlichen Wirtschaftszone (AWZ, 12-200 sm) geschaffen. Demnach ist das BfN in der AWZ der Nord- und Ostsee für die Auswahl der Natura 2000 Flächen verantwortlich. Die Ausweisung der Schutzgebietsflächen erfolgt durch das Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz und Reaktorsicherheit.
Ende Mai 2004 ging die Meldung von NATURA 2000 Gebieten in der deutschen AWZ bei der EU-Kommission in Brüssel ein. Die 10 Gebiete, 8 FFH- und 2 Vogelschutzgebiete, die an die Kommission gemeldet wurden, umfassen zusammen ca. 30 % des deutschen Meeresanteils an der AWZ.
Die in der AWZ liegenden Vogelschutzgebiete wurden durch den Bund am 15.09.2005 als Naturschutzgebiete gemäß BNatSchG ausgewiesen.
Habitat Mare Natura 2000 gibt weitere Informationen zu den Lebensraumtypen und Arten, den Forschungsvorhaben sowie der Ausweisung von FFH- und Vogelschutzgebieten in der deutschen AWZ.
Gebiete von gemeinschaftlicher Bedeutung
Die EU-Kommission erstellt gemäß Art. 4 Abs. 2 nach dem in Art. 21 dargestellten Verfahren der FFH-Richtlinie für jede biogeografische Region eine Liste der Gebiete von gemeinschaftlicher Bedeutung.
EU-weit ist das Verfahren für die Gemeinschaftsliste für die makaronesische Region abgeschlossen (Entscheidung der Kommission vom 28. Dezember 2001).
Die erste "aktualisierte Liste der Gebiete von gemeinschaftlicher Bedeutung" ist für die atlantische und kontinentale Region am 12. und 13. November 2007 sowie für die alpine Region am 25. Januar 2008 durch die EU-Kommission verabschiedet worden. Es sind darin alle von Deutschland für diese Regionen gemeldeten Gebiete mit Ausnahme des Gebiets „Unterems und Außenems“, für das noch ein Urteil eines nationalen Gerichts aussteht, aufgeführt. Die für diese Regionen am 07. Dezember 2004 ( atlantische Region und kontinentale Region) bzw. am 22. Dezember 2003 ( alpine Region) vorgelegten Listen werden durch die nun aktualisierten ersetzt. Die Verpflichtung gemäß Art. 4 Abs. 4 der FFH-Richtlinie binnen 6 Jahren, also bis 2010, die Gebiete als besondere Schutzgebiete auszuweisen gilt für die bereits in 2003 und 2004 gelisteten Gebiete weiterhin. Für die neu aufgenommenen Gebiete besteht diese Verpflichtung bis 2014.
