Wichtigste Rechtsgrundlage des Naturschutzes in Deutschland ist das  Bundesnaturschutzgesetz (BNatSchG), das unter anderem  europäische Naturschutzrichtlinien, insbesondere die Flora-Fauna-Habitat-Richtlinie (RL 92/43/EWG) und die Vogelschutzrichtlinie (RL 2009/147/EG), in nationales Recht umsetzt. Demgegenüber wirken EG-Verordnungen, wie etwa die EG-Artenschutzverordnung (VO 338/97/EG) unmittelbar gegenüber dem Bürger, ohne dass es einer weiteren Umsetzung durch den nationalen Gesetzgeber bedarf.

Das Bundesnaturschutzgesetz wird durch landesrechtliche Regelungen der 16 Bundesländer ergänzt, wobei sich auch Abweichungen ergeben können. Daher ist es für die Praxis unerlässlich, das jeweils einschlägige Landesnaturschutzgesetz zugrunde zu legen.

Der Vollzug des Naturschutzrechts sowie die Rechtsetzung durch Schutzgebietsverordnungen fällt, mit wenigen Ausnahmen, in die ausschließliche Zuständigkeit der Länder. Partielle Vollzugszuständigkeiten des Bundes bestehen im Artenschutz und beim Meeresnaturschutz in der sog. "ausschließlichen Wirtschaftszone" jenseits der deutschen Hoheitsgewässer.