Wichtigste Rechtsgrundlage des Naturschutzes in Deutschland ist das  Bundesnaturschutzgesetz (BNatSchG), das unter anderem  europäische Naturschutzrichtlinien, insbesondere die Flora-Fauna-Habitat-Richtlinie (RL 92/43/EWG) und die Vogelschutzrichtlinie (RL 2009/147/EG), in nationales Recht umsetzt. Demgegenüber wirken EG-Verordnungen wie etwa die EG-Artenschutzverordnung (VO 338/97/EG) unmittelbar gegenüber dem Bürger, ohne dass es einer weiteren Umsetzung durch den nationalen Gesetzgeber bedarf.

Das Bundesnaturschutzgesetz wird durch landesrechtliche Regelungen der 16 Bundesländer ergänzt, wobei sich auch  Abweichungen ergeben können. Daher ist es für die Praxis unerlässlich, auch das jeweils einschlägige Landesnaturschutzgesetz zugrunde zu legen.

Der Vollzug des Naturschutzrechts sowie die Rechtsetzung durch Schutzgebietsverordnungen fällt, mit wenigen Ausnahmen, in die ausschließliche Zuständigkeit der Länder. Dies basiert nicht zuletzt auf praktischen Erwägungen, denn die Landesbehörden können die besonderen Umstände vor Ort am besten einschätzen. Das Bundesamt für Naturschutz (BfN) selbst kann demgegenüber lediglich in wenigen Ausnahmefällen Gesetze vollziehen und ist keine den Landesbehörden vorgesetzte Behörde. Vollzugszuständigkeiten des BfN bestehen insbesondere hinsichtlich der  Ein- und Ausfuhr von Arten und beim  Meeresnaturschutz in der sog. "ausschließlichen Wirtschaftszone" jenseits der deutschen Hoheitsgewässer.