Wichtigste Rechtsgrundlage des Naturschutzes in Deutschland ist das am 04.04.2002 in Kraft getretene  Bundesnaturschutzgesetz (BNatSchG), das den gesamten Querschnittsbereich des Naturschutzrechts an dem in Art. 20a GG normierten Staatsziel des nachhaltigen Schutzes der natürlichen Lebensgrundlagen ausrichtet und  europäische Naturschutzrichtlinien, insbesondere die Flora-Fauna-Habitat-Richtlinie (RL 92/43/EWG) und die Vogelschutzrichtlinie (RL 79/409/EWG), in nationales Recht umsetzt. Demgegenüber wirken EG-Verordnungen, wie etwa die EG-Artenschutzverordnung (VO 338/97/EG) unmittelbar gegenüber dem Bürger, ohne dass es einer weiteren Umsetzung durch den nationalen Gesetzgeber bedarf.

Das Bundesnaturschutzgesetz ist derzeit noch ein Rahmengesetz. Es wird durch  landesrechtliche Regelungen der 16 Bundesländer ausgefüllt und umgesetzt. Daher ist es für die Praxis unerlässlich, das jeweils einschlägige Landesnaturschutzgesetz zugrunde zu legen. Unmittelbare Geltung besitzen nur die in § 11 BNatSchG genannten Vorschriften, etwa die Vorschriften für besonders geschützte und bestimmte andere Tier- und Pflanzenarten in §§ 42 ff. BNatSchG. Durch die Überführung der Gesetzgebungskompetenz für Naturschutz und Landschaftspflege in die konkurrierende Gesetzgebung des Bundes (Art. 74 Abs. 1 Nr. 29 GG) ist nunmehr erstmals eine Ausgestaltung des BNatSchG als bundesrechtliche Vollregelung möglich.

Der Vollzug des Naturschutzrechts, auch der unmittelbar geltenden Vorschriften des Bundesnaturschutzgesetzes, sowie die Rechtsetzung durch Schutzgebietsverordnungen fällt, mit wenigen Ausnahmen, in die ausschließliche Zuständigkeit der Länder. Partielle Vollzugszuständigkeiten des Bundes bestehen im Artenschutz und bzgl. Aufbau und Schutz des europäischen ökologischen Netzes Natura 2000 im marinen Bereich, der sog. "ausschließlichen Wirtschaftszone" jenseits der deutschen Hoheitsgewässer.