Die Gefährdungsbeurteilung gemäß der üblichen Rote-Liste-Kategorien leitet sich aus einem zweizügigem Kriteriensystem ab, das zunächst den Flächenverlust (FL) als Maß der direkten Vernichtung und zusätzlich den Qualitätsverlust (QU) als Maß einer allmählichen Degradierung beurteilt. Beide Kriterien werden dann für jede der acht unterschiedenen Großregionen zu einer regionalen Gefährdung (rG) aggregiert. Diese hat jeweils den gleichen Wert wie die höchste Einstufung eines der Einzelkriterien. Der Mittelwert der regionalen Gefährdungen ergibt dann schließlich die Einstufung für ganz Deutschland.

Die aktuelle Bestandsentwicklung von Biotopen kann eine andere sein als die historische, die mit den üblichen Rote-Liste-Kriterien und -Kategorien für die Gefährdungsbeurteilung, basierend auf der Analyse der Entwick­lung über die letzten 50 - 150 Jahre, ermittelt wird. Die Beurteilung der aktuellen Tendenz, basierend auf der Entwicklung etwa der letzten 10 Jahre, stellt eine Prognose für die nähere Zukunft (max. 10 Jahre) dar. Dabei ist zu berücksichtigen, dass die künftige Entwicklung bei sich oft kurzfristig verändernden Rahmenbedingungen (z. B. Novellierungen der EU-Agrarförderung) oder aber auf Grund längerfristig wirksamer Entwicklungen (z. B. Klimawandel), deren Auswirkungen erst ungenügend bekannt sind, durchaus negativer verlaufen kann als hier prognostiziert. Umgekehrt ist es auch möglich, dass in bestimmten Bereichen Naturschutzbemühungen und -regelungen (FFH-Richtlinie, Wasserrahmenrichtlinie) zu einer günstigeren Entwicklung führen können.

Ergänzend zu der Gefährdungsbeurteilung und der Prognose der aktuellen Tendenz wird für jeden Biotoptyp die Regenerationsfähigkeit bzw. Regenerierbarkeit (RE) abgeschätzt. Durch die Regenerationsfähigkeit wird ein bedeutender Teilaspekt der "Empfindlichkeit" von Biotopen abgebildet, um damit eine Schutzpriorität bei gleicher Gefährdungseinstufung begründen zu können. Darüber hinaus sind diese Angaben für die Abschätzung der Ausgleichbarkeit von Eingriffen in Natur und Landschaft geeignet.