Projektgebiet ist das bayerische Allgäu in den Landkreisen Oberallgäu und Ostallgäu mit jeweils 50% seiner Fläche. Die beiden Landkreise haben den Zweckverband "Naturschutzgroßprojekt Allgäuer Moorallianz" gegründet, der nun Träger des Naturschutzgroßprojekts ist. Das Kerngebiet besteht aus fünf Teilgebieten (800-6.100 ha) und umfasst 15% der bayerischen Hoch- und Übergangsmoore. Daneben gehören auch Niedermoore zum Kerngebiet, ebenso wie eine Eiszerfallslandschaft mit Toteislöchern und Drumlins (von Gletschern geformte längliche Hügel).

Die Moor- und Streuwiesenlandschaft der Projektregion zählt zu den am reichhaltigsten mit Mooren ausgestatteten Gebieten Deutschlands. Nirgends im Alpenumfeld ist der Übergang zwischen Alpenmooren und Mooren des Alpenvorlandes so gut und vollständig ausgeprägt wie hier. Das Kerngebiet, an vielen Stellen unzerschnitten und teils unbeeinträchtigt, bildet eine Moorkette über verschiedene Höhenstufen und bietet somit gute Voraussetzungen zur Sicherung von Mooren in allen Höhenlagen. Große Teile der Allgäuer Moore sind durch Entwässerung beeinträchtigt. In den Kerngebieten selbst findet jedoch aufgrund der Lage in 600-1.000 m Höhe so gut wie keine Ackernutzung statt. Dennoch ist auch hier nur noch 1% der Moore natürlich. Eines der drei naturschutzfachlichen Hauptziele ist die Renaturierung der Moorökosysteme. 600 ha intakte Moore sollen erhalten, 300 ha degradierte Moore wiedervernässt und darin das Torfwachstum angeregt werden. Pufferzonen schützen die Moore vor Nährstoffeintrag.

Zahlreiche landes- und bundesweit stark gefährdete oder vom Aussterben bedrohte Arten haben hier einen bedeutenden Erhaltungsschwerpunkt, z.B. die Kreuzotter sowie Tagfalter und Libellen wie Hochmoor-Perlmuttfalter und Arktische Smaragdlibelle. Außerdem sind die Allgäuer Moore ein bundesweiter Verbreitungsschwerpunkt für "Eiszeitrelikte" wie Torfsegge, Strauch-Birke
und Schlankes Wollgras. Zum Erhalt der landschaftstypischen biologischen Vielfalt soll die Mobilität der Arten gefördert werden, z.B. durch ein Biotopvernetzungskonzept, das die Verbindung einzelner Moore und Streuwiesen durch Korridore und Trittsteine vorsieht.

Im Bereich der ländlichen Entwicklung setzt das Projekt zwei Schwerpunkte: Der erste Schwerpunkt liegt auf der Nutzung der charakteristischen Streuwiesen und der regionalen Besonderheit der Moor-Allmendweiden. Diese ungedüngten Flächen werden einmal im Jahr gemäht. Sie sind in ein Streuwiesenkonzept für den Nasswiesengürtel um die Moore eingebunden: Das Mähgut wird in der örtlichen Landwirtschaft (Moorbauernhöfe) verwertet, nährstoffarme Mähwiesen werden erhalten und Nährstoffeinträge in die Moore minimiert. Weitere Moorprodukte sollen durch einen Ideenwettbewerb identifiziert, entwickelt und beworben werden. Durch die enge, zukunftsweisende Zusammenarbeit mit dem Naturschutz und den Aufbau von Einkommensalternativen bestehen gute Chancen, die regionale Landwirtschaft trotz schwieriger Wettbewerbsbedingungen dauerhaft zu erhalten. Unterstützt wird dieser Prozess durch speziell angepasste Instrumente, die die Regelförderung nicht anbietet, wie z.B. Mikrokredite.

Der zweite Schwerpunkt liegt beim Natur-Tourismus. Er soll vor allem Impulse für die Entwicklung der ländlichen Gebiete geben. Die Pläne sehen die Nutzung der guten Ausgangsbedingungen und sich bietenden Chancen durch die Lage in einer der herausragenden Urlaubslandschaften Deutschlands vor. Maßnahmen wie Moorerlebnisgebiete zu bestimmten Themenschwerpunkten, z.B. Moorcamps, Klimastation oder Wildnispfad, knüpfen konsequent an bestehende Projekte an, etwa aus dem LEADER-Prozess. Die Konzepte für Naturschutz und ländliche Entwicklung sind gut aufeinander abgestimmt, die Bereiche sind durch ein gemeinsames Projektbüro verzahnt und arbeiten eng mit der Leitung der LEADER-Regionen sowie regionalen Partnern aus vielfältigen Bereichen zusammen. Die Planungen für einen revolvierenden Regionalfonds für die ländliche Entwicklung sind in der Region weit fortgeschritten. Bei diesem innovativen Finanzierungsinstrument fließen Einnahmen aus den geförderten Projekten zum Teil wieder in den Fonds zurück und stehen der Region dann für weitere Maßnahmen zur Verfügung. Damit wird der zukünftige Handlungsspielraum der Akteure vor Ort vergrößert. Die naturschutzfachliche Erfahrung, die Einbindung der relevanten Akteure, das bewährte und professionell geplante Öffentlichkeitskonzept sowie die bereits jetzt bestehende hohe Akzeptanz in der Region lassen einen erfolgreichen Verlauf des Projekts erwarten.